mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCAAAAGATTTGTCTCGCG GGAGGCGAATTTTTTAAGCCT ACTAATTTCATAAATGAGAACTAATCCAGGAGGCGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTAGCAAATCTTTACTGTAGCATCACATAGGCTAATCATGTATTAATTAGGCTCAAAAGATTTGTCTCGCGAATTAGTCCAAGGTTATGAAATGTATTTTA ACTAATTTCATAAATGAGAACTAATCCAGGAGGCGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTAGCAAATCTTTACTGTAGCATCACATAGGCTAATCATGTATTAATTAGGCTCAAAAGATTTGTCTCGCGAATTAGTCCAAGGTTATGAAATGTATTTTATAATTAATCTATGTTTAATACTCTAAATTTGCGTCCAAACATCCGGTGTGACAGGGACTAAATTTTTGTCCCTAATTCCCAAACACCCCCTTAGTTTTTTGCTACCAGGTTTAAAATTTCAGTTCGAAATATCTGAAAGTAATTTCAGTAATTTCGGAAATCCCTCCGAACTCACACCGGCAAGCAAATATCTTGTACGGAATTTTTGGTTGTTCATATTTTTATGTAAGAATTTGGTTAAAATTTATTCACATTTAGTCAA 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR445a 1e-38 -47.2 ....(((((((((.((.((.(((((....((((((((((((((.((((((((((((.(((.((((((.........................)))))).))).)))))))))))).))))))))))))))....)))))))))...)))))))))........ (-47.2)