mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTGATAGACACCGGCTCTGC AGGCTTTTGTGGATTATGATG TACTAGACCAGGCTTTTGTGGATTATGATGTGACTTTGGGCCAGTTTGAAAGTATTGTGGGGAATGTGACCGCATGTAACAGTCTGAGTTTTAGTGATGAAGACCTCCCAGCGGAGGGGAAGAAGCACAATCAGGCGTTACTCATCTCTGTACTTTGCAGAACAGACTCCTTATCCAATGTTCTGATAGACACCGGCTCTGCTCTTAATGTAA 6 1 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 100 -56.76 (((.(((.((((((..(((..((((.(((((......(((..((((((.......(((((.........))))).(((((.((((((......(((.......(((((....)))))........)))..))))))))))).....(((((.....))))).)))))))))......))))).))))..)))..))).))).)))....))). (-56.76)