mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGTTTGGTTGCTGAGAAAT TTTCTCGGATGCTGAACGAAA ATCTGTTATTTTCTGTTTGGTTGCTGAGAAATCGCCGGAAAAATAAAAGAAACACAAAAGTAGCTTCTAATTTCTGGGTATGTTCTAGCGATTTTCTCGGATGCTGAACGAAAATTTGTAT CCACGCGTCCGCTTGTCTTTCTCGTACAGGTAATTAATTAATCAACCAAATTGTATCCGTTTGTCGCACGGTCATAAACATCTGAATCTGTTATTTTCTGTTTGGTTGCTGAGAAATCGCCGGAAAAATAAAAGAAACACAAAAGTAGCTTCTAATTTCTGGGTATGTTCTAGCGATTTTCTCGGATGCTGAACGAAAATTTGTATATTGAACCACTGAAAACTCCCTTCGTTAAGTCAACGAAGTAGTATAATTAGGTTTGTTTATCAATTAGATTTATTGTCTTTCGTTGTACATCATGATTTTATAATTATAATTATTAGTTAATTTCTTAAGTTATTATTGTTGTTATTATTGTGTGTGGAGGAAGGCTGTGCTATGAGAAGGTACAGTCCACCATACTATAGTCCTCCGAGGAGGGGATACGGAGGCCGAGGAAGAAGCCCTCCGAGAAGAGGATACGGTGGCGGTGGAGGAGGCTATGGAAGACGCAAGGAACAGAATCATGGTAGCCTTTTGGTTCGAAACATTCCGCTTGATTGCAGGCCTGAAGAACTCCGTGCTCCATTCGAGAGGGTTGGGGGTGTTAAGGATGGCTACCTTCCTAAGATTACTACACTGGGGAACCTCGAGGTTTTGAATTTGTGGAATCTGCGGATCCTTTATGAAGCTGGTGAAGGTCAGACCCGTAGTGAATGGGAAACGTTTGGTTGCGGAGGAGAGTAAATTAAGACGAGCGAGATAAGAAAAGGGAAAGGAGCGGGGGCAAGCCCCCAGCGGACAAGGGAGTGCGAAGAGCCTGAGCAAAGAGGTAAACATTGCCACTTATCTTTTGCGCTAGTCAGCCAGCTCCTAGGGCACGGACGCAATAGAATGCATGAGACCCGGCACGNTC 2 2 5' arm Citrus_sinensis mirnest 100 100 -33.2 ....(..((((((.(((((((..((((((((((((.((((..(((..(((((..................)))))...))).)))).)))).))))))))..))))))))))))).).... (-33.2)