mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCCTTTATATTATGGGACA TCCCCTAATATAAGGGATTTT CTAGCTATATACTCCCTCCGTCCCCTAATATAAGGGATTTTGACGTTTTGCTTGCACTGTTTGACCATTTGTCTTATTCAAAAAATTTTGGAATTATTATTTTTTGGGACTTACTTTATTATCCAAAGTGCTTTAAGCATAACTTTTCGTTTTTTATATTTGCACAAATTTTTTTGAATAAAACGAGTGGTCAAACAATGCAACCAAAATATCAAAATCCTTTATATTATGGGACAGAGGGAGTAGCATCCAA GCCNATCCTTGATCTTCATTTTCTCACGATCAAGAAGACTAGCATGCTCAAGGACGACATCGTCGCTTCACTGTCGGGAGCGCACAAGGGAGGAGCATCAGAATAGTGGATGTGTGCGTTGTGAATTTTTAGTGTTTCAGTCCTTAAAATCATTTGTTTCATCTACTGATTTGACTGTGTTTCACTGTTTTTCAAGAATTGAAACATTTTTTCATTAACTGGAGCTTTATGGTGACCGGGCACCAAGTTTTAAATTGAGTATATACTTAATTCAATTGAGTATGAATTTTTTAAAAAATATATAGGTATAAACATTAACTTATTTACTAACTAGTTCAAACAAATTTGAACTGAATTTGAACATCTTTTTGTTAGATTTTGATTCTAGCTATATACTCCCTCCGTCCCCTAATATAAGGGATTTTGACGTTTTGCTTGCACTGTTTGACCATTTGTCTTATTCAAAAAATTTTGGAATTATTATTTTTTGGGACTTACTTTATTATCCAAAGTGCTTTAAGCATAACTTTTCGTTTTTTATATTTGCACAAATTTTTTTGAATAAAACGAGTGGTCAAACAATGCAACCAAAATATCAAAATCCTTTATATTATGGGACAGAGGGAGTAGCATCCAAATATATAATTAGTTAGGTATGTAATAATTGAATATAAAATANAGTTGAATTTGAGATGTTTTGTCGCTAAGTATAGGTATGAATCAAATTTTTATGTCTAGATATATACTCACAATTTGAAAATTTTTAAAATTTTTGAGTGGATTTGTGTATTTTATATATATACCTGATAGTGGATCATCCAATATTAACC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 1e-83 osa-MIR818e 2e-50 -99 ...(((....((((((((.(((((.((((((((((((((((((.((((((.(((((.(((((((((((((((.((((((((((((.((((((..((.((......((......)).)).))))))))((((..((((...(((.....))).)))).....))))....)))))))))))).))))))))))))))).))))).)))))).)))))))))))))))))).))))).)))))))))))...... (-99)