mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTTTTGGTCCTTGGTATTT ATACCAAGGACCATAACCAAA CCCTACAAATATAGAATATTTGGTTTTGGTCCTTGGTATTTTGTTTTAATCATTGTAAAATCATTTCATATTGAAATTGGTCCCTATAATATTCATTTTAGTCCTCATTTTGAGGGACTAAAATCAAATATTCTACATATTACAAGGACCAAATCCAATATGAATCAATTTTACAAGGACTAAAACAAAATACCAAGGACCATAACCAAATTTTTTATATTTGCATGGC 1 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2630h 5e-116 -97.94 .((..(((((((((((.((((((((.((((((((((((((((((((((.((.(((((((((...(((((((((...(((((((...((((((..((((((((((((.....)).))))))))))............))))))...)))))))...)))))))))...))))))))).)).)))))))))))))))))))))).)))))))).)))))))))))...)). (-97.94)