mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTTTTGGTCCTTGGTATTT ATACCAAGGACCAAAACCAAA CCCTGCAAATATAAAAAAATTGGTTTTGGTCCTTGGTATTTTGTTTTAGTCCTTGTAAAATTGATTCATATTGGATTTGGTCTTTGTAATATGTAGAATATTTGATTTTAGTCCCTCAAAATGAGGACTAAAATGAATATTATAGGGACCAATTTCAATATGAAATGATTTTACAAGGATCAAAACAAAATACCAAGGACCAAAACCAAATATTCTATATTTGCAGGA 0 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2630h 1e-110 -123.4 .((((((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((..........(.((((((((((.((.....)))))))))))).))))))))))))))))).))))))))))).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))......)))))))))))). (-123.40)