mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTCGGCTTACGTCACCTTG AGGTGTGACAGTCTTACTGAA CAGACCTTGAATTTATCAAGGTGTGACAGTCTTACTGAATTGCCAATACATATTGGAAATTTAGTCGGCTTACGTCACCTTGATATAAGTGGGACTA 3 2 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 100 -32.8 .((.(((......((((((((((((..((((..((((((((.(((((....))))).)))))))).))))..)).)))))))))).....))).)). (-32.80)