mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCCAAGATAT ATTTTGGGACGGAGGTAGTAG AAGTTGTAGGTAGAATTCTTTCTCCTGTCATGATATACTCCCTCCGTCCCAAGATATAAGCATTGGTTAACTATAAATATAGACAACTGTGTGTCCAGATTCATAGCTAAAAATTGTTATATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTATATAGTTTTGTCCTAGGAATTATACCTGC TGAAAAGAGGTGGCATAAGCCCAGAAAGATCATTCTTCAATCTCTGCTGATCAGTGGCACCTCAGCTCTCATACAGAAACTGCACTTAGTTCATAGTATGATCTTTGGAACGGAATTCAAGACATGATGGCCCAGAAGATTAGACCAGGAAAAATCACTAAGTTGTAGGTAGAATTCTTTCTCCTGTCATGATATACTCCCTCCGTCCCAAGATATAAGCATTGGTTAACTATAAATATAGACAACTGTGTGTCCAGATTCATAGCTAAAAATTGTTATATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTATATAGTTTTGTCCTAGGAATTATACCTGCAAGCAACATTATTGCTACGGTAAGGAAATGTTTTCCACTGTCAAACACGAAGGCTGTCAAAGAGCAGTTAATTGAGCATACGCAGAAGAAAGCAAAAATAGATAAGAACAAAAATTTCCAC 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-48 osa-MIR1439 0.00000000000004 -55.2 .....(((((((.(((((((....((((.(((...((((.(((((((((((((((((((.((....(((.((((.(((...((((......))))...))).)))).)))....))))))))))))))))))))).)))).))))))).........))))))).))))))) (-55.2)