mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGCAGGGTGCATAAGGATT TCCTTATGCACTTGCATAAA GGTTACCGTGCATAAGGAAATCCTTATGCACTTGCATAAATCTAAAAATGGTTTTGGAGTGTAACTCACATAGACCATTTTCACATCAAAATAGTTTTGGCATAATTGGGTTGGGATTTATGCAGGGTGCTGGAAACCATTAAATACATCTAATGATTTTGGAGTACAATTCACTAAAACCATTTATAGATTTATGCAGGGTGCATAAGGATTTCCTTATGCACCATATAAC 0 1 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2652b 2e-69 -94.7 .......(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((..((((.(((.((.......((((((((((...(((((((..((........))..))).))))....)))).)))))).(((((........)))))....))))))))).....)))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))))))))))))))........ (-94.70)