mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTCCCAAAATATAAGCA GTTATATTTTGGGACGGAGGT TGATATACTCCCTCCGTCCCAAAATATAAGCATTTTTAACTATAAATATAGACAACTGTGTGTCCAGATTCATAGCTAAAAATTGTTATATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTAT ATGAATTATAGGTTTTCCTGAGGTGACAACAAAGATGAAAAGAGTTGCATAAGCCCAGAAAGATCATTCTGCAATCTCTGCTGATCAGTGGCACCTCAGCTCTCATACAGAAGCTGCAATTAGTTCATAGTATGATCTTTGGAACGGAATTCAAGACATGATGGCCCAGAAGATTAGACCAGGAAAAATCAGTAAGTTGTAGGGTAGAATTCGTTCTCCTGTCATGATATACTCCCTCCGTCCCAAAATATAAGCATTTTTAACTATAAATATAGACAACTGTGTGTCCAGATTCATAGCTAAAAATTGTTATATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTATATAGTTTTGTCCTAGGAATTATACCTGCAAGCAACATTATTGCTACGGTAAGGAAATGTTTTCCACTGTCAAACACGAAGGCTGTCAAAGAGCAGTTAATTGAGCATAAAAAAAAAAAAAAGG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 8e-58 osa-MIR1439 0.00000000000002 -44.4 .....((((.(((((((((((((((((((..(((((((.((((.(((...((((......))))...))).)))).)))))))..))))))))))))))))))).)))).... (-44.4)