mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTTTGTAGGGATGTGACA TCATGTCCCTCTAAATTCCCC ACTAACCTATTACTCCTTCCCATAATATAAGAGATTTTGTAGGGATGTGACACATCTTAAGACCATATATCTAGACAACAGTATGTCCAGATACATGATTCTAGAATGTGTCATGTCCCTCTAAATTCCCCTATATTATGGAACTGAAGGAGTACTATA CCCCGGGCTGCAGGAATCGGCACGAGGGCTTGCTCTACCTCACCCCCTCTGCCCTCTCTCCTCTCAGAGCAAGAACAATATTGAGCTATAAGTAAGCTATATACTTGTATATAAGAGAGTTAAAGAAAAATAATAAGTGTTAACTCGCACGTAAGAACTAACTCTACATGACTACATATACTCAAATAAATATGCATAAAAGTCATAATAAGAGAAACAGTGAGAGAAAGATAGAGCTAACCTTATAACTAACCTATTACTCCTTCCCATAATATAAGAGATTTTGTAGGGATGTGACACATCTTAAGACCATATATCTAGACAACAGTATGTCCAGATACATGATTCTAGAATGTGTCATGTCCCTCTAAATTCCCCTATATTATGGAACTGAAGGAGTACTATACTCTATAGTAGTAATAAATTTAGAGGTTGCTCTATCTCAGCTCCATCTCCCAGCTAGCTAGCTTCTCCTCTGTCACTGCTAAAGCCGACGTCATTGCTATCGAACATCGTCGCCTCATCGAACAGATGCCATAGAGTCAAGTAGGAGTA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.00000000001 osa-MIR818c 0.00000003 -58 .......((.(((((((((((((((((((...((.((((.(((((((((((((((.(((.((.(((.(((((.((((......)))).))))).))).)).))).))))))))))))))).)))).))...))))))))))....))))))))).)).. (-58)