mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAAAGTGAGGATATCAAGGA CTTTGTATTTTCTTTCTTTTCTT TTGACCTTTTGTTTATATTAAGTTCCTTTGTATTTTCTTTCTTTTCTTCTAAAGTGCCCCAGTTCTGCATAAATATTCTTGTGCGTGTGAAAGAATCATTCCCTGTTTGCTTAATATGTGACATATAGTTGATATCTTAAGCTTTTATTTTAAATCTCCGATTTCTTGCCATGTTGTTAATGTACTATATGATAATTGCACCTATAATTTGTTTCTGAATAAGCTACTGGACAACATTTCCTGATTCTTTGCAAGTTTTTGGAAACAATTCAACTTCCACATACACATATACAATTATACTTCTCTTACTCAAATTTACCATTTACTTTTGGCACATACGCAAACGTAAATATGCATTTTTCATTGGTTTATTTTTTTCATAGGAACGAAAGTGAGGATATCAAGGATATTGTTGAAAAAGTTAC 3 2 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 100 -76.73 .....(((((....(((......(((((.((((((((...(((((.((((((((((..(((((..((((((..(((..(((((..((((.((((((((..........((((((.(((((((.....))).)))).))))))............................((((((((...(((((.(((.......(((.........)))......))))).)))..))))))))....))))))))((.(((((.(((....)))...))))).))....))))..)))))..)))...................(((........)))....((((....))))..))))))......)))))..)))))).......)))).))))).)))))))).)))))...)))...))))).... (-76.73)