mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGAAGGTTGCTCACTATTT ATAGTGAGTAGCCGATTTGGG TGATCATACTTCTTCGGGGCAAATAGTGAGTAGCCGATTTGGGGAAGTGATCAACCCCTAGGATAAGTTTAAATTTGTTTTTTTTACCCCAGAGACTTTTTACCGTGGCTAAAAAGATCTTCTTGGGGGTATAAAAAGAACCATATTTAAATTTAGCCCAAGGGTTGATGATGTATTTTCCTCAAGAAGGTTGCTCACTATTTTACCCCAAGAAAGCTGGTC 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2670a 7e-38 -94.5 .(((((...(((((.((((.(((((((((((((((..(((((((((((.((((((((...((.(((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....).))))))).))))..)))))...))))))))))...))))))))))).))...)))))))).)).....)))))))))..)))))))))))))))..)))))))))...))))) (-94.50)