mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGAAGGTTGCTCACTATTT ATAGTGAGTAGCCGACTTAGG TGATCAATCTTCTTCGGGGTAAAATAGTGAGTAGCCGACTTAGGGAAGTAATCAACCCTTGGGATAAGTTTAAATATCCTTTTTTAAACCCCAGAAACTTTTTACCGTTGGTAAAAATAATCTTCTTCGGGTAAAAAAAAAACCAGATTTAAATTTAGCTCAATGGTTGATGATGTATTTTCCCCAAGAAGGTTGCTCACTATTTTACCCCACAAAGATTTTTC 3 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2670b 1e-45 -87.7 .((..((((((....(((((((((((((((((((((..(((.((((((..(((((((.(((((.(((((((((((....((((((..((((.((((..((((((((...)))))))).....))))..))))..))))))......))))))))))).))))).))))))).......)))))).)))..)))))))))))))))))))))...))))))..)) (-87.70)