mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAAGGGAGAAGAGCTGTTGG AACAGTAATTTGTCCTTCTTT GTTGAGAGTAGTATTATTTCGGCAAGAAATGCTTTGATGCAAGAAGGGAGAAGAGCTGTTGGTTCAACTAAATTCAGGATAGAAAACAGTTGTTAATTAACAGTAATTTGTCCTTCTTTTTGTTATAGAGAAGTACGAGTTGGTTTTTTTCTTTATT TCACGCACAACAAATTTTCAGTCATGCAGAGTCCTAAGCAAATGGAACAACATGTTACTACATACGAGGAGTCCAAGAATCCAACAAACGACGTCGTAAAGGAGACGAATAATAGTAATAATGTGACACCAAACACGGCTACATATAACGGCCGGGATAGGCTGAAGAGGCACCGGGTCGAGGTGGCGGGTCGGGTATGGGTACCGGATATGTGGGGCCAAGAAAATTTGCTTAAAGAGTGGATGGACTGTACGGCGTTCGATAAGGCGCTAGTTGAGAGTAGTATTATTTCGGCAAGAAATGCTTTGATGCAAGAAGGGAGAAGAGCTGTTGGTTCAACTAAATTCAGGATAGAAAACAGTTGTTAATTAACAGTAATTTGTCCTTCTTTTTGTTATAGAGAAGTACGAGTTGGTTTTTTTCTTTATTAGTACTCACAAAAGGATACAAATAATATATATCTGCGTATGTATTTCGCATCTCATGTTGATACTGTTATTGTTAAAAAAAGATTGTTGTCAATAAAAGAATAAGTACAACGANNAANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Antirrhinum_majus mirnest 100 100 -36.8 ..........((((((....((((.....)))).)))))).(((((((.(((..(((((((((((((((...(((......)))...)))))..))))))))))..))).))))))).......(((((((((.((......))...))))))))). (-36.8)