mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGGAACGGAGGGAGTA CTCCATACGTCTCATAATATA TTTCTTGTACTCCATACGTCTCATAATATAATTTTGAGTTTTTACTTTGTAATGTTTGACCACTCGTCTTATTCAAATTTTTCTTTATAAATATAAAAAACGAAAAGTTGTGCTTAAAGTACGTAGATAACAAATTAAGTCACAAATAAAATAAATAATAATTTTAAAATTTTTTGAATAAGACGAGTGGTCAAATGTTATAAGCAAAAACTCAAAATCTCTTATATTATGGAACGGAGGGAGTAGTATTCAATTCAGATCAGTTGATTTGAGCCGCCGTCGAC TTTCTTGTACTCCATACGTCTCATAATATAATTTTGAGTTTTTACTTTGTAATGTTTGACCACTCGTCTTATTCAAATTTTTCTTTATAAATATAAAAAACGAAAAGTTGTGCTTAAAGTACGTAGATAACAAATTAAGTCACAAATAAAATAAATAATAATTTTAAAATTTTTTGAATAAGACGAGTGGTCAAATGTTATAAGCAAAAACTCAAAATCTCTTATATTATGGAACGGAGGGAGTAGTATTCAATTCAGATCAGTTGATTTGAGCCGCCGTCGACGATCCGGCCGGCCGCTTGCTTCTTCCATATTGATCGAGGAGACATCACATGGATCATCATCCAATTCCAGCAGATGAGAATGAGATGACTAGTACTAGTCCCCAGATGCAGATAAGGAGAAACAAGCTCTCCTCCCACTTCCAAGGAGATATCGATGATAATAGTGGTGTTGGTGTTGTGGACATCCGGG 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 2e-51 osa-MIR818e 0.00000000000007 -85.1 .......((((((...(((.(((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((......((((.((.(((.............((((((((((.................))))).)))))............))).)).))))....)))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))....))))))))))).)))...))))))...(((((.((((.....)))).)))))........... (-85.1)