mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGAGGCAGCGGTTCATCGATC TTTTTAGCGTTGGGGTAAAGACACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGAGAATTTTGTTGTGAGAATAACACAAATACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCCTTAACTCTCCATGAAGTTTTATGTTAGTTA 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase MIR162_2 1e-20 tcc-MIR162 2e-49 -46.8 ....((((...(((((.(((.(.(((((.((((.((((.(((((((..(((.((...((((((((((....)))))).)))).)).)))..))))))).)))).)))).))))).).))).))))).(((((....)))))...)))) (-46.80)