mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGACCGGGG TGAGGGGAATGTTGTCTGGACCGGGGACACTTGTGTTTCTAATCCGTTTTCCCTGCAATATTGTTCTGATTAACGTGGGGATCTTTATATTGCTTATTTTTGTAATGGATTAAGGTTGTACTAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAA 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase mir-166 0.0000000002 ath-MIR166b 0.000000000008 -63.59 ((.((((((((..((((((.((((.((((((.(((.(..(((((((((......(((((((.(((((.((....)).)))))....)))))))..........)))))))))..)...))).)))))).)))).))))))..)))))))).)). (-63.59)