mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGTGGGCATACTGCCAACT TGCTTTCATGGGGGTTTAGCAAAGGGCTTCTTACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCCCATCATGGAAAAAGTCCGTATTTTTCCCCTCTGGTTTTTCATGGAGGTGGGCATACTGCCAACTGTGCTCTGTTGGCTTCTCTTTGTAAAATCCTTGTGATGCA 2 0 5' arm Gossypium_hirsutum mirbase MIR394 0.0000000002 tcc-MIR394a 4e-26 -74.4 .((..(((..(((((((.((((((((...((.(((((((.((((((((.(.((((((((((((((....(((((((.......)))))))....)))........))))))))))).).)))))).)).))))))).))...)))))))).)))))))..))).)). (-74.40)