mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGCGGCCAGTATGTCAAAT TAGGGGTTCTTAGAGGCTTTGTTGCAGAGCCAATTTGGCATTCTGTCCACCTCCATTGATGTACTTCTTCTTACCTACCCAACTTATAAAATGATTTGTCTTTGAAGTAATGGAGGCGGCCAGTATGTCAAATAGACTCTGTAAATTTCTCTCTGAGAAACCCTA 3 0 5' arm Gossypium_hirsutum mirbase MIR394 0.0000000000007 tcc-MIR394b 0.000000000000009 -63.92 (((((.((((((((((.....((((((((.(.(((((((((.(((.((.(((((((.....((((((....................................))))))))))))).)).))).))))))))).).)))))))).....)))))))))).))))) (-63.92)