mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTT GGGGTGCCACCTAAGAACACAGG GCCAAGATGGTTTACCCCAGAGGGGTGCCACCTAAGAACACAGGTCATCCCTTAACCAAATAGCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGGTACATATATCTTCGC 1 2 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase MIR398 0.0000004 gra-MIR398 2e-55 -55.5 ((.((((((...(((((((((((((((..((((.((((((((((..((...........))..)))))))))).)))))))))))))))))))....)))))).)) (-55.50)