mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCTGCACTTATTTTGGGACG TCCCAAAATAAGTACAGTTTT CGCTATCTACTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTACAGTTTTAGCACTGTTCATGTCCAATGTTTGACCGTTCGTCTTATTTGAAATTTTTTTATGATTACTACTTTTATTATTATTAGATGATAAAACATGAATAGTACTTTATGTGTGACTAATTTTTTTAATATTTTTCATAAATTTTTCAAATAAGACGAATGATCAAAATGATGAACACGGATATATATGGCTGCACTTATTTTGGGACGGAGGTAGTATTATTATCT TACGAGAAATGTATTTGTAGAGGCATATGGAGCAAATAACATGAGCAAGTTAGTTAGGTAGATGAAAAGAATGCGGCACCCGTTTCCTACATTTTAGAACAGCAATTTTGTGACAAGGTAGTTATTTTCACCCAACATACAAGTGCATTATATGCGAGACATACTGTGTTCTTTCCGGGGAAAAAAATATTGTGGCGCATTTTTTATAATTTAAATAAATCCAGGCTATATATATGTATCTGGCTAGGCTCGCTATCTACTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTACAGTTTTAGCACTGTTCATGTCCAATGTTTGACCGTTCGTCTTATTTGAAATTTTTTTATGATTACTACTTTTATTATTATTAGATGATAAAACATGAATAGTACTTTATGTGTGACTAATTTTTTTAATATTTTTCATAAATTTTTCAAATAAGACGAATGATCAAAATGATGAACACGGATATATATGGCTGCACTTATTTTGGGACGGAGGTAGTATTATTATCTTTTAAAAAAAAACTAGTACTACTACATTATTAAGAGCACCAACAAGCCATCATGACATCAATGGTAGGGGTCTATCCTCCAAAATATATAGTTATGC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 6e-39 osa-MIR812a 1e-36 -83.4 .......((.((((.(((((((((((((((((((.(((((.((....(((((.(((.((...(((((.((((((((((((((((((....(((((((..........(((((..(((((.((.....(((((((......))))))).)).))))).....)))))....)))))))..)))))))))))))))))).)))))....)).))).)))))..)).))))).))))))))))))))))))).)))).))...... (-83.4)