mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCCAATGGAGATTTGTCCGG GGGCAAAATCTTCAGTGGCAGG TGAGATATTACAGGGCAAAATCTTCAGTGGCAGGCAGTATATGGCTCCATTCATCAGGCATCAGCTGTATGGAAAATTGCAGTGTGTTCTCCGCCAATGGAGATTTGTCCGGTAATTCCGGTTC 3 1 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase mir-399 9e-64 ghr-MIR399b 2e-52 -39.9 ...(..(((((.(((((((.((((((.((((.((.(((.....)))))........(((((..((((((........)))))))))))....)))).))))))))))))).)))))..)..... (-39.90)