mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGGCCTT GGCTTCTCTGCATTGGCAGG AGGGCTTCTCTGCATTGGCAGGTAGATGATAACTCCACATCATGTAGTTAACCTGCCAAAGGAGAGTTGGCCTT 3 1 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase 100 csi-MIR399b 0.0008 -31.7 ((((((.((((.(.((((((((((.(((((........))))).).....))))))))).).))))..)))))) (-31.70)