mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCTG GGGCAACTCTCCTTAAGCAAA TGAGGAATTACAGGGCAACTCTCCTTAAGCAAAAATGGATGTGCTTTTCTTTGCATAATTCGATTTTGCCAAAGGAGATTTGCCCTGCCATTCACTCA 3 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase mir-399 0.000000000000002 tcc-MIR399f 0.000000000005 -47.3 .(((((((..((((((((.(((((((..((((((.(((((((((........)))).))))).))))))..))))))).))))))))..)))).))). (-47.30)