mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTGATATTGGTTCGGCTCATC CGAGCCGAATCAATATCACTCA GGAGGAGTAGACACGACGTGATATTGGTTCGGCTCATCTTATTGTGATTAAAAATTTCAAGGCGAGCCGAATCAATATCACTCATGTATGCTTTTTT 3 0 5' arm Gossypium_hirsutum mirbase MIR171_2 0.000000006 ptc-MIR171l 0.00000002 -42.6 .((((((((.(((.((.((((((((((((((((((..(((...((........))...)))..)))))))))))))))))))).))).)))))))). (-42.60)