mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTCCTACTCCTCCCATACC AAGTGGGATGGGTGGAAAGATT ATTGTTAAAGAGGGAAAGGGAGAAAGAGTTGCCGGGAGTTTATGGAAGTGGGATGGGTGGAAAGATTTGTATTTTCTCTCTTGAGTTTCTAAGAATGTAAAGCAAATCTTTCCTACTCCTCCCATACCACTTATTTCCAGTTCTTCCTCTCCACTTCTTACTTTTCTCGAT 2 2 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase 100 gra-MIR482 0.0000001 -61.9 ((((..((((..((((..(((((..(((..((.((((((...(((..((((((.((((((((((((((((.(((.(..(((((......)))))..).))))))))))))))).)))).)))))).)))...)))))).)).)))..)))))..))))..))))...)))) (-61.90)