mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGCCTACTCCACCCATGCC GATGGGTGAGGGGGTAAGACA AGAGACGATGGAGAAGGAGCTTAGGATTCTAGAAAGCTCGTGGGATGGGTGAGGGGGTAAGACAATGGACTGTTTCAGTCTTTTGGAAACAGAAATAAAGAAGAAGGCTGGTTTATGTCTTGCCTACTCCACCCATGCCACTGGTTTCCTGGTGTTCCTCCTCCTCCTAAAGTCTCT 3 1 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase 100 100 -83.2 ((((((...((((.(((((....((((.((((.(((((.((((.(((((((((..(((((((((.(((((.....((((((((((....))...........))))))))))))))))))))))..)).))))))).)))).))))).)))).))))))))).))))....)))))) (-83.20)