mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAACAAACA TTTGTTTATGGTCATCTAAGC CTTTTTCTTTTCATGAAAATGCATTATTGAATGTGTTTGTTTATGGTCATCTAAGCCATTTTTCATCTCGCCAATTCTTTGTTCAAGCAGTTTTTGGATAATCGAACCGATAGAATACACCCGCAGAAATGATGTTTAGATGACCATCAACAAACAACTTCATCTTATTGCATCAAGTGTTCAAGATTTAAG 1 0 3' arm Gossypium_hirsutum mirbase 100 ghr-MIR827a 1e-79 -53.2 (((..((((..(((....(((((.((.((((..((((((((.((((((((((((((((((((((......((((....((((....))))...))))...((((...))))...........).)))))))..)))))))))))))).))))))))..))))...)).)))))...)))...))))...))) (-53.20)