mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCCATAATAT ATTATAGGACGGAGGGATTAG GGTAGATAACTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGAGTTTTTACTTGCAACATTTGACCACTCGTCTTATTTAAATTTTTTTAAAATTATTATTTATTTTTTATTATATACAGTACTTTAAGCATAACTTTTTATTTTTTATATTTATAAAAAAATTAAATAAGACGAGTGATCAACGATACAACCAAAACTCAAATTCCTTATATTATAGGACGGAGGGATTAGATTTCAGC CGGACTACATAGAGACGGGGCACCTGACGGTGAAGAGCGACGTGTGGAGCTTCGGGGTGGTGCTGTACGAGATCCTGACGGGGCGGCGGACGCTGGACCGCCACCGGCCGCAGGGGGAGCAGAAGCTGCTGGAGTGGGTCGCCCAGTTCGCCCCCGACAGCCGCAACTTCCGCATGATCATGGATCCCAGGCTCCGCGGCGAGTACTCCGTCAAGGCCGCCCGCGACATCGCCAAGCTCGCCGAGTCCTGCCTCCTCAAGAACGCCAAGGAGCGCCCCACCATGTCCGAGGTCGTCGACGTCCTCCGCCGCGCCGTCCAGTCGCAGCCCGACCCTCCTCCTCCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCCGGCAAGGGGAAGAGGGTCGACGTCGCGCCGCAGCCGGCGAGGAGGAGGTGAGGTTGCACTCTGCTGCTATCATCGATCACGGCATGAATGAAGAAAGAAAAGTACAGAAAGAGAGACACAGAGACGAGTTGGTGGATTCTTGGCGTTTTTGTTTTTTGTTTTCCTTTCTATTTTTTAGGCTTATTTAGGATGAGGATAGTAGTATGAGAATACATTTGATTTGATTGGTAGATAACTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGAGTTTTTACTTGCAACATTTGACCACTCGTCTTATTTAAATTTTTTTAAAATTATTATTTATTTTTTATTATATACAGTACTTTAAGCATAACTTTTTATTTTTTATATTTATAAAAAAATTAAATAAGACGAGTGATCAACGATACAACCAAAACTCAAATTCCTTATATTATAGGACGGAGGGATTAGATTTCAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 5e-24 osa-MIR818e 0.0000000000002 -72.6 ....((...(((.(((((((((((.((((((((((((((((.(((((((...(((......((((.((((((((((((((((.((((((.((((.((.....)).))))((..(((((.((......(((.....)))......)).))))).)).)))))).)))))))))))))))).)))).....)))..))))))))))))))))))))))).))))))))))).)))...))... (-72.6)