mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGGAGAGTTGGGCAAGAAT TCTTACCAACCCCTCCCATACC GTAAGAGAAAGGGAGAGAGTGGTGTTGGGAGTTGGAGGTGTGGGAGAGTTGGGCAAGAATTATGACCTTTGTTCAATCCAAAGGGGCAATTCTTACCAACCCCTCCCATACCCTTGATTTCCAACCGTTGCTCCCCTTCCCTGCCTTGGATC 2 2 5' arm Gossypium_hirsutum mirbase 100 100 -69.2 ....(((..((((((.((((..((((((((((..(.((((((((((.(((((..(((((((....((((((.......))))))...))))))).)))))..)))))))))).)..)))))))).))..))))...))))))..)))..... (-69.20)