mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTTGAACTGGATTTGCCGA TGCAAATCCAGTCAAAAGTTA CATGATGCTGCTCAGTATTTTAATACTGGTCTTACTGTCTTAGTTTGCGTCTTGTCTTTTGAACTGGATTTGCCGACTTGAACTGCGTTGTTGAAGGTTTACAAAACCCGAGCCTGCAAATCCAGTCAAAAGTTAAACCGGGCTGAGATTTACGAATCTGATATATATTGGGAGGTATTATG 3 1 5' arm Gossypium_hirsutum mirbase 100 ghr-MIR2949b 1e-100 -58.76 (((((((((.((((((((....(((..((.......(((((((((((.((.(((.(((((((.((((((((((.(.(((((((......)))...((((.....)))))))).).))))))))))))))))).))))))))))))))))........))..))))))))))).))))))))) (-58.76)