mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACAGAAGATAGAGAGCAC GCTCTTTATGCTTCTGTCATCA GTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGGTGTGCAATTAGGAGTCTTGAAGCAATGCATCCCACTCCTTTGTGCTCTTTATGCTTCTGTCATCACC 1 1 5' arm Gossypium_raimondii mirbase 100 ptc-MIR156j 9e-17 -44.8 ..((.(((((((((((((((((((((((.(((((..((((.(((((...))))).....))))..))).)).)))))))))))))).))))))))).)).. (-44.80)