mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTT GGGGTGCCACCTAAGAACACAGG GCCAAGATGGTTTACCCCAGAGGGGTGCCACCTAAGAACACAGGTCATCCCTTAACCAAATAGCTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGGTACATATATCTTCGCCATTCCCTTTTGTTTGC 1 2 3' arm Gossypium_raimondii mirbase MIR398 0.0000004 ghr-MIR398 2e-55 -56.3 ((.((((((...(((((((((((((((..((((.((((((((((..((...........))..)))))))))).)))))))))))))))))))....)))))).))................. (-56.30)