mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTCCAATTCCTCCCATTCC AATGGAGGAGTTGGAAAGATT GAAGGAGGAAAAGGAGAGACCGTTTCTGGAAATTTTCGGAATGGAGGAGTTGGAAAGATTTTGAATTTTCTCTGTATTTTAATAATGAAAAATCTTTCCAATTCCTCCCATTCCACTGATTTCCAGCACTTCCTCTCCATTTTCTTACCTTT 0 1 3' arm Gossypium_raimondii mirbase 100 ghr-MIR482a 0.0000001 -68.79 ((((((((((((((((((...((..(((((((((...(((((((((((((((((((((((((..(((................)))..)))))))))))))))))).)))))))...))))))))).))...)))))).))))))).))))) (-68.79)