mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCAC GCTCACTTCTCTTCTGTCAGC GAAGAGGGACACAGAGAGACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGCAGGCAATTGTATGAAAAGCCATGCCTTTGCGGGTGCGTGCTCACTTCTCTTCTGTCAGCTTCGGCTTTTGCATTGTG 0 1 5' arm Theobroma_cacao mirbase mir-156 5e-25 rco-MIR156d 3e-23 -61 .........(((((.((..(((((((((((((((((((((.(((..((((..(((((......)))))..))))..))).)))))))).)))))))))))))..)).((....)).))))) (-61.00)