mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCATGCGAGGAGCCATGCATG TGTTAAATGCACATTTTGTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAAAGCCCATCAAGAGTCCGGTGGCCTTCGTGGATGGCATGCGAGGAGCCATGCATGCATTCTGCTGTCTTAACG 2 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase mir-160 1e-19 vvi-MIR160d 0.000000000000007 -61.2 .(((((..(((((...(((((((.(((((((.(((((((((((..(.(((.(((((........))))).))).)..))))))))))).))))))).)))))))...)).))).))))). (-61.20)