mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGTTCGAAG TATAACATCAACTGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGTTCGAAGTCATTCATATGAATCTTAAATGTCTTCTGAATGATTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAACTTGTTTTAATAGCTA 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-166 0.00000000000003 csi-MIR166c 0.000000000000002 -51.9 .........(((.((((.((((((((..((((((((((((((((((((...((..........))...))))))))))))))))))))..)))))))).))))..))).......... (-51.90)