mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCC GAATGTTGTTTGGCTCGAGG AAAGGAGAAACGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGTCATCTAGGTTGATCTTTATTTCCATGAAATTTTCTTGGATTAATTTCATTTTTTTTTTCCGGGAAAGTTTCTGCAATACATATAGCCCTATATGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCAAAACAACTTCCT 4 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-166 0.000000003 csi-MIR166b 0.000000000002 -71.99 ..(((((....((((((((((((((..((((((..(((((((((.((((........((((..((.((((((((((((((..((..........))..)))))))))))))))).))))........)))).)))))))))..))))))..))))))))))))))........))))) (-71.99)