mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGAATGAAGTTTGATCCAAGA TGAAGAAGAAAAGAGGGTGTATGGAATGAAGTTTGATCCAAGATCCCTCCTTCTCCATAAGTTCTTATCTGATAATTACTTAAGGGATTGATCATTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACACCATGCTTTTCCTTGCT 4 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-166 0.000000002 osa-MIR166g 0.0000000001 -52.2 .......((((((..(((((..(((((((((((((.(((.(((((..((..((.((.(((((..((((...))))..))))).))))..)).....))))).))).)))))))))))))..)))))...))))))...... (-52.20)