mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTTGGTGGAGCGATTTGTC CAGCCTGCTAACTAGCTATG ATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTNATTCCGTTACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTATGCGGAGGTA CACGCGTCCGTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTNATTCCGTTACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTATGCGGAGGTATCCCTCCGTGGCCAGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTAGGCCAAAGAATATCCACACCAGTAGCATCTCCCCCTTTACATAACGTCTCCCCCACACCCGAGCCAGTTATCATTCCCCCACACAGACCCGGGTTATCATTCCCCAACACCCAGGCCGGTNATCTATCCCACCCCCCGCCCGGAAACCCTTCGAATTCAGTTTTCCTCGGCACCAATTCCGTTTTACATTCCCCCCACCCGAAACCCTTTAATATTTCCCCCCCAAAACCCCGGTTTATTTTCCCCCCACGGGTTCGGTTTACCTTCCCCCCCCCCCCCCCGAAACCTTCAAATTCAGTTTCCTCCGCCCCACTTCATTAACCTCCCCAACCCCGATCGGTTTTCATTCCCCCCCCGGCCCGAAAACCTCCATTTCATTTCCTCCGCCCCACTCCCTTTTTTATTCCCCCCCCCCCCCCCAAAACCCCTCTATTTTTTTTCCCCTCCCCCCCAACTCGGTTTATAATTCCCCCCCACAAGCGGGTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAACACAAAAAAAAATTTTTCCCCCCCAAAAAC 5 1 5' arm Citrus_sinensis mirnest SSU_rRNA_eukarya 2e-36 100 -26.1 ....((((...((((((((..((((..(((...((((..(((......)))...)))).)))..)))).)))))))).))))..... (-26.1)