mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTCGTCTCTGGCTATA GGAAATGAGGCTATGTGCTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGAAAAGCTATATTTTACATTATATTACCCTGTTCCCTGATATTAACTATATGCTTCTGTATCAATTTTAACTATAAATTAATAAAATTTATAATAAATGTTATAAGAGTTTATCGGCAAGTCGTCTCTGGCTATATCACTGTTTCATTTTCTC 3 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_2 0.0000002 ptc-MIR169f 0.00000001 -60.28 (((((((((((...(((.((.(((((..(((((((((((((..(((((.......(((((................((((((...............))))))........((((((((.....))))))))...)))))......))))).)))))))))))))..))))).)).))).))))))))))).. (-60.28)