mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTTGGCTATC AGATTAAGAGTCTTGTTGGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTATATCCAAAAAGGATTTTGAGGAAAGAAAAGCTGAATCTGATAAATCTCATCAGAGTCCTTTTAATGGTTTCTGGGCAGTCTCCTTTGGCTATCCTGACTGGCTCTTATCTT 2 1 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_5 0.0000000006 ghb-MIR169a 0.00000000003 -63.4 ((((.(((((((..((..(((((((((((..((((.(((((...(((((((((((((((((((......((......))......)))..)))))))))))))..)))....)))))))))..))))))))).))..)).))))))))))). (-63.40)