mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAGGGATGACTTGCCTA GGCAGTCACCTTGGCTATG GATAAAGAGTCTTTGTTTGGTAGCCAGGGATGACTTGCCTACGGCTTTTCAGGTGGTTAATATTGATGCTATGATTATGAATGTAAAACCCCTGGCTCTGGTCTGCAGGCAGTCACCTTGGCTATGCTAACAGGCTCTTTTCTC 1 2 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_5 0.0000000001 ghb-MIR169a 0.000000007 -58.5 ((.(((((((((..(((..((((((((((.(((((.((((.(((((..(((((.((((.(((((.(((.......))).)))))..)))))))))....)).))).)))))))))))))))))))...)))))))))))))).. (-58.50)