mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCACCTAGGCTAATC AGGTAAAGAGTCATGCTTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGCACCTTTCCCCAAGGATTCAAGTAAATGGCTAAGAAACCTGAAACTCCTTTCAGGTTGCCAGGCAGTCACCTAGGCTAATCTAGCAGGTTCTTTTCCC 1 3 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_5 0.0000000001 ghb-MIR169a 0.0000000000005 -54.7 .((.(((((..(.((((.(((((((.(((.(((((.(((((..((((.....))))....................(((((((((....)))))))))..))))))))))))).)))).))).)))))..))))).)). (-54.70)