mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGAGTTGCCTG GGCATTCACCTTGGCTAACT AAGATAAGAGTTCTGTTTGGTAGCCAAGGATGAGTTGCCTGCTCCTTCCAAGAGGTTTCAAATCTTGTTGGGTTGCCAGGCATTCACCTTGGCTAACTTGACTGGCTCTTTTCTT 0 3 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_5 0.00000003 ptc-MIR169m 0.000000006 -52.7 ((((.(((((((..(((.(((((((((((.(((((.((((((.(((..(((((.........)))))..)))..).)))))))))))))))))).))).))).))))))).)))) (-52.70)