mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAATTATCCTTGGCTAAC AGATAAAGAGTCTTGTTTGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGTACCTCACAGCAGGTTTCTCTTAGGTTAAAAGTTCTTCCTTGGAAGCCCCTGTCTAGTTTCAGGCAATTATCCTTGGCTAACCTGACAGGCTCTTCTCTA 0 1 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_5 0.000000000002 ghb-MIR169a 0.000000000000008 -58.7 (((..((((((((.(((.(.(((((((((((((.(((((((.((...((((..(((((((...(((............))).))))))).))))...))..)))))))))))))))))))).)..))))))))))).))). (-58.70)