mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCTAGTTGTCCTTGGCTACG AAGAGGTAGACAGTGTGGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTAATCCCTAGGAGGCATGCATTTGCCTTGTTTCTCTGCTTTAGATTATTCCGGCTAGTTGTCCTTGGCTACGGTGCGCTGTCTTCTTCTC 4 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_2 0.00000003 vvi-MIR169w 0.000000002 -67.9 .(((((.((((((((((.((.(((((((((..(((.(((((.(((((..(((((((((.((....))..)))))).))).....)))))..))))).)))..))))))))).)).)))))))))).))))). (-67.90)