mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTCTGTCCTTGGCTACA GAGAGGTAGAGAATTTAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCGTAGACAATACTCAAATACTAATTATTATTGTATTTTTCCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTACATTGGTTTCTCTTCTTCTC 1 1 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR169_2 0.0000004 gma-MIR169a 0.0000001 -59.99 ((((((.((((((.((((((.((((((((((((((((((((.....((((((................))))))......)))))))))).)))))))))).)))))).)))))).)))))) (-59.99)