mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGTCAAGAATGACTTGCCG GCAAGTTGTTCTTGGCTCACC AAAGGGAGGGAGTGGGGGCTTGAGTCAAGAATGACTTGCCGGTGTTTGCTTCTTGGCAGGCATTAATTAAGCCGGCTCACCGGCCTTAACCTAGTCCTCCGGCAAGTTGTTCTTGGCTCACCTTCGCTCTCTTTTCTTTCAT 2 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase 100 ptc-MIR169z 0.0004 -76.7 ((((..((((((((((((..(((((((((((..(((((((((.(((((((....))))))).....(((((((((....)))).))))).........)))))))))..)))))))))))))))))))).)))..))))... (-76.70)